菲律宾与中国在南中国海(South China Sea, 中国称南海)的领土争端可能将给菲律宾重要行业带来严重经济损失，包括至关重要的旅游业和农业。
中国旅游团取消了赴菲律宾旅行计划，而菲律宾出口至中国的水果也面临着更加严格的检验检疫程序，不过中国官员说这与两国之间在南海对峙无关。在位于中国的飞机承租方的要求下，菲律宾廉价航空公司宿务太平洋航空(Cebu Pacific)将暂停上海至菲律宾每周两次的包机航班。据新华社报道，由于旅行社取消赴菲律宾的旅游团，在6月30日前，中国南方航空股份有限公司(China Southern Airlines)计划减少飞往菲律宾的航班。
今年4月8日，菲律宾船员试图逮捕据菲律宾有关部门称在斯卡伯勒浅滩(Scarborough Shoal，中国称黄岩岛)非法捕捞鲨鱼和巨蛤等受保护物种的中国渔民，中菲关系随之变得紧张。斯卡伯勒浅滩位于联合国界定的菲律宾专属经济区的边界以内，是个由暗礁和环礁湖组成的海域，中国也宣称对该海域拥有主权。中国当时向该海域派出海监船，引发了持续数周之久的对峙局面。
中国两家大型旅行社中青旅控股股份有限公司(CYTS Tours Holding Co.，简称：中青旅)和携程旅行网(Ctrip.com International Ltd.)表示，由于政治上的不确定性，决定取消赴菲律宾旅行团。
菲律宾酒店眼下开始争相吸引来自台湾、日本和韩国等地的游客，以弥补中国游客减少带来的损失。
长滩岛基金会(Boracay Foundation Inc.)主席朱瑞(Henry Chusuey)说，中国游客取消赴菲律宾旅游数量占了预计入境游的约15%到20%，而通常情况下，一些酒店和旅游度假地中国游客的预定比例最高可达60%。长滩岛基金会是菲律宾旅游胜地长滩岛上的商业运营商成立的组织。
朱瑞说，这将意味着我们的收入会减少，但我们不能指责我们的政府，我们只有更加努力地吸引其他国家的游客。朱瑞拥有Regency酒店集团。
其他运营商也表示前景不容乐观。交通运营商Southwest Tours Boracay Inc.的销售人员萨巴(Mark Saba)说，一般情况下，他们预计每周会有300到500名中国游客，但自5月11日以来，由于中国游客大规模取消赴菲律宾旅游，他们一名中国游客都没看到。
中国是菲律宾第四大游客来源地。据菲律宾旅游部(Philippines Department of Tourism)统计，今年前三个月有超过9.6万名中国人到菲律宾旅游，较去年同期增加了78%。
菲律宾其它产业担心，与中国的紧张关系日益恶化可能会拖累这些产业。菲律宾食品饮料综合企业生力公司(San Miguel Corp.)总裁兼首席运营长蔡启文(Ramon Ang)前不久接受采访时说，斯卡伯勒浅滩的对峙可能不利于菲律宾在建立对华商贸关系方面取得进展。中国目前是菲律宾的第三大贸易伙伴。
包括总统阿基诺三世(Benigno Aquino III)及财政部长普里西马(Cesar Purisima)等多位菲律宾政府官员都说，菲律宾和中国政府正努力控制两国领土争议问题波及的范围，避免产生更多连带损失。
另外一个可能容易受到影响的产业是菲律宾规模颇大的水果业。新华社上周报道说，中国国家质量监督检验检疫总局(简称质检总局)下发通知，要求加强对进口菲律宾水果的检验检疫。
通知下发后，菲律宾水果出口商蒙受了约14.4亿比索(合3,360万美元)的损失，此前还有一批输华香蕉被查出存在“新菠萝灰粉蚧”有害生物。菲律宾香蕉种植及出口企业协会(Pilipino Banana Growers and Exporters Association)执行董事安提格(Stephen Antig)说，已有43家公司被告知其出口产品不被中国接受，尽管菲律宾香蕉出口商在规定更为严格的日本等其它市场并没有遇到类似问题。
此外，安提格说，菲律宾的输华菠萝和木瓜目前也被中国海关查扣。他说，该国水果出口商正在努力解决可能出现的任何问题，还说新菠萝灰粉蚧对香蕉没有影响。
菲律宾作物产业局(Bureau of Plant Industry)将于下周派专家组前往中国，检查问题香蕉，并重申菲律宾政府的观点，即该国香蕉在出口前通过了严格检查。